力量来拯救日本。
第三部 使命
在横滨坂本龙马家住下，夜里神秘的声音又起，叫醒了大和丸，指示去函馆之灵穴。在函馆村灵穴，渡海而来的三博士新研制的灵兽再次被打败，三博士又跑了（真是无耻之极）。将军又来诬陷众人，危急关头一道亮光将大和丸转移到别处，神秘声音的主人イヒカ和ヘぃたぃ神官终于现身，说出了灵穴的来龙去脉暴走原因，并加入队伍。出来一看是ぁぱぃノ村，在此整顿一下。
回到横滨之西富士山，在山中灵穴发现了将军一伙，当只留下冲田一人时，大和丸上前询问，冲田却变成怪物与众人博斗，最终倒在十太郎的剑下。将军一伙回来将大和丸四人关在了山洞里中，与此同时三博士杀死了近藤。众人冲出洞外看见三博士在富士山上建了一座高塔。
大和丸和两神官讨论，来到高千穗的北西方龙潭，在地下水路脱出来到地下王国。见长老后，在村中购买了各种武具和道具，这是最后一次机会，一定要精打细算。
回富士山在洞口前选择战斗上山顶，钻过火山爬上高塔，此处的迷宫虽然有此困难，但对于已然攻关至此的玩友不在话下，其中难点是在最后一道关闸（门后有记录符号），必须先去左通道杀灵兽，再杀此关闸门前灵兽，才能拿到钥匙开闸。杀死最强的灵兽后，将其守护的“ヘビのぐひか”在电力装置上插入破坏了灵力收集，三博士跑了。下塔后解救被灵兽袭击的人们，士方赶来替大和叉掠阵。大和丸毅然进入山洞追杀三博士，此时以前的十几位途中加入伙伴全部离去。一路血战打倒三博士自身幻成的灵兽，大和丸最后面对的是改造过的利修。利修所变的超级灵兽有一只爪子，一只头，一只黑手掌。决窍是先打头再打爪子，最后打手掌，应该使大和丸四人处于转身状态，使用能让全队加满血的道具及时补救，在四人坚持不懈的攻击下，终于将利修击毙。大和丸四人已经精疲力尽了，法术不够封住灵穴，为了拯救国家，四人舍