力量来拯救日本。
第三部 使命
在横滨坂本龙马家住下,夜里神秘的声音又起,叫醒了大和丸,指示去函馆之灵穴。在函馆村灵穴,渡海而来的三博士新研制的灵兽再次被打败,三博士又跑了(真是无耻之极)。将军又来诬陷众人,危急关头一道亮光将大和丸转移到别处,神秘声音的主人イヒカ和ヘぃたぃ神官终于现身,说出了灵穴的来龙去脉暴走原因,并加入队伍。出来一看是ぁぱぃノ村,在此整顿一下。
回到横滨之西富士山,在山中灵穴发现了将军一伙,当只留下冲田一人时,大和丸上前询问,冲田却变成怪物与众人博斗,最终倒在十太郎的剑下。将军一伙回来将大和丸四人关在了山洞里中,与此同时三博士杀死了近藤。众人冲出洞外看见三博士在富士山上建了一座高塔。
大和丸和两神官讨论,来到高千穗的北西方龙潭,在地下水路脱出来到地下王国。见长老后,在村中购买了各种武具和道具,这是最后一次机会,一定要精打细算。
回富士山在洞口前选择战斗上山顶,钻过火山爬上高塔,此处的迷宫虽然有此困难,但对于已然攻关至此的玩友不在话下,其中难点是在最后一道关闸(门后有记录符号),必须先去左通道杀灵兽,再杀此关闸门前灵兽,才能拿到钥匙开闸。杀死最强的灵兽后,将其守护的“ヘビのぐひか”在电力装置上插入破坏了灵力收集,三博士跑了。下塔后解救被灵兽袭击的人们,士方赶来替大和叉掠阵。大和丸毅然进入山洞追杀三博士,此时以前的十几位途中加入伙伴全部离去。一路血战打倒三博士自身幻成的灵兽,大和丸最后面对的是改造过的利修。利修所变的超级灵兽有一只爪子,一只头,一只黑手掌。决窍是先打头再打爪子,最后打手掌,应该使大和丸四人处于转身状态,使用能让全队加满血的道具及时补救,在四人坚持不懈的攻击下,终于将利修击毙。大和丸四人已经精疲力尽了,法术不够封住灵穴,为了拯救国家,四人舍

